История. Попытки создания ботанического сада в столице Дагестана предпринимались несколько раз: в конце 20-х годов первым научным учреждением Дагестана – Институтом Дагестанской культуры, в начале 50-х – Отделом растительных ресурсов Дагфилиала АН СССР, в 60-х – Даггосуниверситетом. Все эти попытки по разным причинам оказались безуспешными.
В октябре 1972 г. в Дагестанском филиале АН СССР был открыт Отдел биологии, в составе которой была создана лаборатория генетики растений с общим направлением исследований – «генетика и эволюция природных популяций растений». Лаборатория открыла экспериментальную станцию на землях переданных во временное пользование (Центальный горный Дагестан, плато Гуниб, 1750 м. над уровнем моря) общей площадью 3, 4 га. В декабре 1986 г. Президиум АН СССР принял Постановление о создании Горной экспериментальной базы (Ботанического сада) Отдела биологии с предоставлением в постоянное пользование 30 га земель на плато Гуниб (1600 – 1950 м над уровнем моря). В феврале 1992 г. Президиум РАН принял постановление о переводе Горного ботанического сада в статус научно-исследовательского учреждения ДНЦ РАН (на правах института). Кроме того, на территории Левашинского района РД закреплены за ГорБС ДНЦ РАН 10 га земель (в 2 км от с Цудахар, пр. берег р. Сана, пр. приток р. Казикумухское Койсу, горно-долинная зона, 1100-1250 м. над уровнем моря).
Лаборатория генетики растений, заинтересованная в создании постоянно действующей горной экспериментальной базы и в расширении исследований в области ботанического и генетического ресурсоведения, продолжала ходатайствовать о создании Ботанического сада, но уже непосредственно на Гунибском плато. Наши обращения, начатые в 1977 г, были поддержаны председателем Совета ботанических садов СССР, директором Главного ботанического сада академиком Н.В.Цициным и комиссией Отделения общей биологии во главе с членом-корреспондентом АН СССР П.И.Лапиным. Решение об образовании при Отделе биологии на базе Лаборатории генетики растений Ботанического сада – лаборатории было принято председателем Дагфилиала АН СССР Х.И.Амирхановым. 17 августа 1982 г Совет Министров ДАССР принял постановление о выделении на Гунибском плато 500 га земель, главным образом лесных, для создания "Горно-Дагестанского государственного ботанического сада". Однако лишь в 1986 г вышло распоряжение о частичном исполнении этого постановления с выделением в постоянное пользование 30 га, на основе которого 10 декабря 1986 г Президиум АН СССР принял свое постановление о создании "Горной экспериментальной базы (Ботанического сада) Отдела биологии". Только тогда, впервые в горах Дагестана, и начались целенаправленные и массовые интродукционные эксперименты. Еще через несколько лет Президиум РАН своим постановлением от 11 февраля 1992 г перевел Горный ботанический сад в статус научно-исследовательского учреждения (на правах института) ДНЦ РАН.